Practical algorithms for Computational Phylogenetics

In this manuscript we described the main computational challenges of the cancer phylogenetic field and we proposed different solutions for the three main problems of (i) the progression reconstruction of a tumor sample, (ii) the clustering of SCS data to allow for a cleaner and faster inference and (iii) the evaluation of different phylogenies. Furthermore we combined them into a usable pipeline to allow for a faster analysis.

In questo manoscritto vengono discussi le principali sfide computazionali nel campo della inferenza di filogenesi tumorale a vengono proposte diverse soluzione per i tre principali problemi di (i) ricostruzione dell'evoluzioni di un campione tumorale, (ii) clustering di dati SCS per una piu' pulita e veloce inferenza e (iii) il confronto di diverse filogenesi. Inoltre viene discusso come combinare le diverse soluzioni in una singola pipeline per una piu' rapida analisi.