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Bioinformatics software comes in a variety of programming languages and requires diverse installation methods. This heterogeneity makes management of a software stack complicated, error-prone, and inordinately time-consuming. Whereas software deployment has traditionally been handled by administrators, ensuring the reproducibility of data analyses1–3 requires that the researcher be able to maintain full control of the software environment, rapidly modify it without administrative privileges, and reproduce the same software stack on different machines.
Dale, R., Gruning, B., Sjodin, A., Rowe, J., Chapman, B., Tomkins-Tinch, C., et al. (2018). Bioconda: Sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences. NATURE METHODS, 15(7), 475-476 [10.1038/s41592-018-0046-7].
Bioconda: Sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences
Dale R.;Gruning B.;Sjodin A.;Rowe J.;Chapman B. A.;Tomkins-Tinch C. H.;Valieris R.;Batut B.;Caprez A.;Cokelaer T.;Yusuf D.;Beauchamp K. A.;Brinda K.;Wollmann T.;Corguille G. L.;Ryan D.;Bretaudeau A.;Hoogstrate Y.;Pedersen B. S.;Heeringen S.;Raden M.;Luna-Valero S.;Soranzo N.;Smet M. D.;Kuster G. V.;Kirchner R.;Pantano L.;Charlop-Powers Z.;Thornton K.;Martin M.;Beek M. D.;Maticzka D.;Miladi M.;Will S.;Gravouil K.;Unneberg P.;Brueffer C.;Blank C.;Piro V. C.;Wolff J.;Antao T.;Gladman S.;Shlyakhter I.;Hollander M.;Mabon P.;Shen W.;Boekel J.;Holtgrewe M.;Bouvier D.;de Ruiter J. R.;Cabral J.;Choudhary S.;Harding N.;Kleinkauf R.;Enns E.;Eggenhofer F.;Brown J.;Cock P. J. A.;Timm H.;Thomas C.;Zhang X. -O.;Chambers M.;Turaga N.;Seiler E.;Brislawn C.;Pruesse E.;Fallmann J.;Kelleher J.;Nguyen H.;Parsons L.;Fang Z.;Stovner E. B.;Stoler N.;Ye S.;Wohlers I.;Farouni R.;Freeberg M.;Johnson J. E.;Bargull M.;Kensche P. R.;Webster T. H.;Eppley J. M.;Stahl C.;Rose A. S.;Reynolds A.;Wang L. -B.;Garnier X.;Dirmeier S.;Knudsen M.;Taylor J.;Srivastava A.;Rai V.;Agren R.;Junge A.;Guimera R. V.;Khan A.;Schmeier S.;He G.;Pinello L.;Hagglund E.;Mikheyev A. S.;Preussner J.;Waters N. R.;Li W.;Capellades J.;Chande A. T.;Pirola Y.;Hiltemann S.;Bendall M. L.;Singh S.;Dunn W. A.;Drouin A.;Domenico T. D.;Bruijn I.;Larson D. E.;Chicco D.;Grassi E.;Gonnella G.;B J.;Wang L.;Giacomoni F.;Clarke E.;Blankenberg D.;Tran C.;Patro R.;Laurent S.;Gopez M.;Sennblad B.;Baaijens J. A.;Ewels P.;Wright P. R.;Enache O. M.;Roger P.;Dampier W.;Koppstein D.;Devisetty U. K.;Rausch T.;Cornwell M.;Salatino A. E.;Seiler J.;Jung M.;Kornobis E.;Cumbo F.;Stocker B. K.;Moskalenko O.;Bogema D. R.;Workentine M. L.;Newhouse S. J.;Leprevost F. D. V.;Arvai K.;Koster J.
2018
Abstract
Bioinformatics software comes in a variety of programming languages and requires diverse installation methods. This heterogeneity makes management of a software stack complicated, error-prone, and inordinately time-consuming. Whereas software deployment has traditionally been handled by administrators, ensuring the reproducibility of data analyses1–3 requires that the researcher be able to maintain full control of the software environment, rapidly modify it without administrative privileges, and reproduce the same software stack on different machines.
Dale, R., Gruning, B., Sjodin, A., Rowe, J., Chapman, B., Tomkins-Tinch, C., et al. (2018). Bioconda: Sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences. NATURE METHODS, 15(7), 475-476 [10.1038/s41592-018-0046-7].
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 598/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
