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Bicocca Open Archive
Implementing de Bruijn graphs compactly is an important problem because of their role in genome assembly. There are currently two main approaches, one using Bloom filters and the other using a kind of Burrows-Wheeler Transform on the edge labels of the graph. The second representation is more elegant and can even handle many graph-orders at once, but it does not cleanly support traversing edges backwards or inserting new nodes or edges. In this paper we resolve the first of these issues and partially address the second.
Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M., Puglisi, S. (2016). Bidirectional variable-order de Bruijn graphs. In Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) (pp.164-178). Heidelberg : Springer Verlag [10.1007/978-3-662-49529-2_13].
Implementing de Bruijn graphs compactly is an important problem because of their role in genome assembly. There are currently two main approaches, one using Bloom filters and the other using a kind of Burrows-Wheeler Transform on the edge labels of the graph. The second representation is more elegant and can even handle many graph-orders at once, but it does not cleanly support traversing edges backwards or inserting new nodes or edges. In this paper we resolve the first of these issues and partially address the second.
Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M., Puglisi, S. (2016). Bidirectional variable-order de Bruijn graphs. In Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) (pp.164-178). Heidelberg : Springer Verlag [10.1007/978-3-662-49529-2_13].
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/10281/112969
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 598/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
